1． 消毒剂本身的因素
① 消毒剂的种类：针对所要消毒的微生物特点，选择恰当的消毒剂。
② 消毒剂的配方：良好的配方能显著提高消毒的效果。例如戊二醛和甲醛联合应用，二者具有协同效应，可提高消毒效力；另外，用具有杀菌作用的溶剂，例如甲醇、丙二醇等配制消毒液时，常可增强消毒效果。
③ 消毒剂的浓度：通常消毒剂的消毒效果与其浓度成正比，在配制消毒剂时，要选择有效而又对人畜安全并对设备无腐蚀的杀菌浓度。
④ 消毒时间长短：消毒剂接触微生物后，要经过一定时间后才能杀死病原，只有少数能立即产生消毒作用，所以消毒后不要立即进行清扫。
2． 病原微生物
① 病原类型
细菌：由于细胞壁结构的不同，通常革兰氏阳性菌对消毒剂要比革兰氏阴性菌更敏感。
细菌芽胞：芽胞具有较厚的芽胞壁（内含特有的吡啶2，6-二羧酸，DPA）和多层芽胞膜，结构坚实，含水量少，大多数消毒剂是不能杀灭细菌芽胞的，目前公认的杀芽胞类消毒剂主要有：戊二醛、甲醛、环氧乙烷及氧制剂的碘制剂等。
病毒：一般来说，病毒对消毒剂的抵抗力介于细菌繁殖体和芽胞之间。
真菌：真菌孢子的抵抗力较一般细菌强，但比细菌芽胞弱。
② 病原数量：若待消毒区域病原微生物数量较多，则消毒剂的用量要加大，消毒时间也要延长，这样才能达到良好的消毒效果。
3． 外界因素
① 温度：消毒剂的抗菌效果与环境温度呈正相关，即温度越高，杀菌能力越强。一般规律是温度每升高10℃，消毒效果增强1-1.5倍。消毒剂抗菌效力的测定通常都是在15-20℃气温下进行。
② pH值：pH值可从两方面影响消毒效果，一是对消毒剂本身的作用，许多消毒剂对酸碱度很敏感，pH值变化可改变其溶解度、解离度和分子结构；二是对微生物的影响，病原微生物的适宜生长pH值在6～8之间，过高或过低pH值有利于杀灭病原微生物。
③ 有机物的存在：消毒环境中的粪、尿，创口流出的脓液、体液，饲料残渣等有机物会严重消耗消毒剂，从而降低消毒效果。因此，在消毒前要认真打扫清洗、除去灰尘和有机物后再进行消毒，这样效果就比较确实。
④ 水质硬度：好的消毒剂应该能耐受各种不同的水质，不管是硬水、软水、还是自来水。
⑤ 其他因素：消毒物表面的形状、结构和化学活性，消毒液的表面张力，剂型以及在溶液中的解离度等。